Die Geschäfte der Gesellschaft werden durch den Vorstand geführt.  Den Vorstand bilden der Präsident, der Stellvertreter des Präsidenten, der Schriftführer und der Schatzmeister; gewählt wird er von der Mitgliederversammlung.

Der erste Präsident oder 'proponierende Secretär' der Vereinigung war der Frankfurter Schuldirektor Johann Heinrich Moritz Poppe; geprägt wurde die Gesellschaft in ihrer Anfangszeit jedoch vor allem von August Wöhler, der der Gesellschaft beinahe dreißig Jahre vorstand.
 
Der heutige Präsident Prof. Dr. Klaus Ring lehrte und forschte seit 1971 als Professor für Mikrobiologische Chemie an der Frankfurter Universität und übernahm 1986 für acht Jahre als Präsident die Leitung der Universität.  Von 1994 bis 2003 stand er der Stiftung Lesen in Mainz vor, für die er danach noch bis 2005 als wissenschaftlicher Direktor tätig war. 2004 wurde er zum Präsidenten der Polytechnischen Gesellschaft gewählt.

Zum Vorstand gehören daneben die Frankfurter Verlegerin Dr. Henriette Kramer (Stellvertreterin des Präsidenten), der Physiker Dr. Friedrich Heigl (Schriftführer) und der Bankkaufmann Johann Peter Krommer, Finanz- und Personalvorstand der Stiftung Polytechnische Gesellschaft (Schatzmeister).